一名热爱游戏王决斗的青年，开局就来到了5DS的世界。与寻常的穿越者一样拥有了系统外挂，还有拥有背后灵管理员弗勒德莉丝辅佐。剧情按照原作正常发展，但是这些世界里却被名叫“普罗米修斯”的组织所渗透。剧情正在发生剧烈的改变，以及不断出现的前所未见的强大敌人。为了与这股势力战斗，游暮踏上了他在各大决斗世界的旅程。然而更大的阴谋在等待着他。（因为很难顾及卡片效果与剧情决斗完美搭配，因此无法完全百分百的确定卡片效果处理的正确，因此本作不可避免的会出现效果与现实效果不一样的“口胡”现象。）

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从一处高位面穿越而来的少年，来到了低位面的一处名叫幻武大陆的世界。这里的人到达十二岁时，会通过幻武器胚融合而觉醒本命神兵修炼，这种人被称为武者……